Q: 使用中のアプリケーションのキーストロークが、JAWS for Windowsのキーストロークとバッティングしてしまい使用できません。

A:
JAWSキー+3を入力してキーのパススルー機能を使用すると、直後の1キーストロークはJAWSの制御から離れます。